Появление краеведческого музея пришлось на трудные времена для Абхазии, всего за несколько дней до войны 1992 г. было издано распоряжение о его создании, но с началом грузино-абхазского конфликта мысль о музее пришлось отложить. Начиная с 1994 года, после окончания войны было подписано новое распоряжение о создании музея, которому было выделено здание бывшей греческой школы. С этого момента началась работа по наполнению фондов музея, как материалами бывших школьных музеев, так и экспонатами, принесенными местными жителями. В октябре 1995 года была создана первая экспозиция. С 1997 года Гудаутский краеведческий музей вошел в состав Управления охраны историко-культурного наследия республики Абхазия и был переименован в Гудаутский музей-заповедник «Абазгия».